توفي فضيلة الشيخ الدكتور محمد بن سعد الشويعر يوم الجمعة (١٤٤٢/٠٩/١٨هـ)، ودفن يوم السبت ( ١٤٤٢/٠٩/١٩هـ ) في مقبرة النسيم بمدينة الرياض . وكان ــ رحمه الله تعالى ــ من رجالات سماحة الشيخ عبدالعزيز بن عبدالله بن باز ــ رحمه الله تعالى ــ، وهذا أمر مشهور وظاهر للعيان، فقد لازم سماحة الشيخ أعواماً كثيرة، وكان أحد السواعد الرئيسة في مكتب سماحة الشيخ عبد العزيز ــ رحمه الله تعالى ــ، بل كان ملازماً له في كثير من حلِّه وترحاله، وكان مثالاً في الجد والإخلاص في خدمة الشيخ عبد العزيز ــ رحمه الله تعالى ــ مما أكسبه محبة الشيخ وجعله موضع ثقة عند سماحته، بل كان الشيخ يثني على الدكتور بعبارات تدل على عظيم محبة الشيخ له، فشكر الله تعالى للدكتور محمد خدمته للشيخ، وكذا بقية الموظفين في مكتب الشيخ خصوصاً وغيرهم عموماً . ومما يُذكر ويُشكر للدكتور محمد الشويعر خدمته العظيمة لسماحة الشيخ ابن باز ــ رحمه الله تعالى ــ، ويكفي مثلاً في ذلك كتاب( مجموع فتاوى ومقالات متنوعة )، وهذا المجموع المبارك هو بحق موسوعة علمية شاملة لمباحث علمية متنوعة في المعتقد، والحديث رواية ودرايه، والفقه، والتفسير، إضافة إلى كثير من النصح والتوجيه والإرشاد، وكذا الردود العلمية . والحديث عن جهود الدكتور محمد الشويعر وقلمه السيّال وكتاباته المتنوعة ناهيك عن برامجه الإذاعية يطول وقد يصعب حصره، ولعل الله تعالى يقيِّض من يُفرد مؤلفات في سيرته يُبيِّن فيها جهوده مع سماحة الشيخ ابن باز خاصة وغيرها عامة . وقد أطلق عليه مدير عام المؤسسة فضيلة الشيخ الدكتور عبدالعزيز بن محمد السدحان لقب ( البازي )؛ لطول ملازمته للإمام ابن باز، وإخراج كثير من علمه جرياً على سُنّة بعض المحدثين عندما لقبوا أحمد بن جعفر الضرير بــ : ( الوكيعي )؛ لملازمته للإمام وكيع بن الجراح . ومدير مؤسسة الشيخ عبدالعزيز بن باز الخيرية ومنسوبوها يعزون ذوي الشيخ ومحبيه خصوصاً، وغيرهم عموماً بوفاة الدكتور محمد بن سعد الشويعر ــ رحمه الله تعالى ــ، وجعل الفردوس الأعلى مثواه .